Вперше Здовбиця згадується актом від 11 жовтня 1487 року, у якому донька луцького старости Шиловича відписала свою власність до польського короля Казимира IV Ягеллончика. Через 10 років вже великий литовський князь Олександр Ягеллончик дарує князю Костянтину Острозькому землі, серед яких фігурує і село «Всдолбиця». Великий князь Литовський і польський король Сигізмунд I Старий в 1541 визнав 15-літнього князя Василя-Костянтина Острозького повнолітнім, надав половину батьківських володінь, а саме: Дубно, Дорогобуж, Здесель, Звягель, Крупин і Здовбицю. Наприкінці XVI ст. пункт фігурує в ряді судових справ з приводу аграрної шкоди, крадіжки лісу. На період Хмельниччини селяни не відставали від козацького руху, в актах за 1648—1657 згадуються загони повсталих селян, які діяли в «Здолбицькому бору», «здолбицькому пруду», «здолбицкое раздорожье», знищуючи каральні боївки. В 1753 році власником Здолбицького маєтку стає князь Любомирський.
За легендою Здовбицю заснували мешканці втраченої Голівки. Княжий дозорець Гол звів за горбом, на якому колись відав «чатами», домівку й почав господарювати. Згодом тут осіли інші та назвали свою оселю за іменем першого поселенця Голівкою. Але нагрянули ординці й спалили село. По деякому часі уцілілі голівці подались дещо на північ, де в надріччі Безодні заклали ольце і назвали його Здовбицею за іменем тутешнього урочища.
Здовбиця приваблює археологів. На городищі, де колись були маєтки князівські з середньовічними реліквіями знаходять і наконечники списів, стріл, уламки кольчуг, посуд староруської доби.
В жовтні 2016 року у Здовбиці відкрито пам’ятну дошку на вшанування вчинку здовбичан, котрі 1948 року біля приміщення сільради вивісили національний прапор. Це учні тодішнього 10-го класу Здовбицької школи Петро Максимович Марчук, Євген Бенедиктович Година та Микола Іванович Кравчук; були засуджені до 10 років ув’язнення в радянських таборах.
